Babaeski Atatürk Anadolu Lisesi 1961-1962 öğretim yılında ortaokul olarak tek binada öğretime başlamış olup,1968-1969 öğretim yılında bünyesinde lise de açılarak lise ve ortaokul bir arada öğretime devam etmiştir. Ancak ilçemizde 1000 öğrenciye öğretim verecek müstakil bir ortaokul Bakanlığımızca yaptırıldığında 1973 yılında ortaokul liseden ayrılarak lisemiz müstakil bünyesinde ortaokul bulunmayan lise haline getirilmiş olup, eski bina lise ihtiyacını karşılayamadığından 1975 yılında 12 derslikli ek lise binası bakanlıkça yaptırılmıştır.
Okulumuz 2002-2003 öğretim yılının birinci dönemine kadar bu binada eğitim öğretime devam etmiş ve ikinci dönem Dindoğru Mahallesi E - 5 karayolu üzerinde İMKB tarafından yaptırılan yeni binaya taşınmıştır. 2008-2009 öğretim yılında Bakanlığımızca Turizm ve Ticaret Genel Müdürlüğünden ayrılıp Ortaöğretim Genel Müdürlüğüne aktarılmıştır. Bu öğretim yılından itibaren Babaeski Genel Lise bölümü olarak eğitim öğretime devam etmiştir.2010-2011 eğitim öğretim yılından itibaren ise Babaeski Atatürk Anadolu Lisesi olarak eğitim-öğretime devam etmektedir.
